一 、药物的浓度和作用时间
养殖户一般都知道，消毒药物的浓度越高，作用时间越长，消毒效果越好，但是浓度大、时间长会对组织的刺激性大。但如果浓度过低、接触时间过短，又不能很好地达到消毒的目的。因此，养殖户应根据消毒药物的特性和消毒的对象，恰当掌握药物浓度和作用时间。
二 、环境温湿度
在适当范围内，温度越高，消毒效果越好，温度每增加10℃，消毒效果增强1～1．5倍，因此消毒通常在15～20℃的温度下进行。另外，环境湿度也会影响消毒效果，湿度过大或者非常干燥都不能保证消毒效果。
三 、环境中的有机物含量
消毒药物的消毒效果与环境中的有机物含量是成反比的，如果环境中有机物的污物较多，也会影响消毒效果，因为有机物一方面可以掩盖病原体，对病原体起保护作用，另一方面可降低消毒药物与病原体的结合从而降低消毒药物的作用，所以建议养殖户在对鸡舍消毒时，尽量清理干净鸡舍内的鸡粪、墙壁上的污物，以提高消毒效果。
四 、环境中酸碱度
环境中的酸碱度对消毒药物药效有明显的影响，如酸性消毒剂在碱性环境中消毒效果明显降低；表面活性剂的季铵盐类消毒药物，其杀菌作用随pH值的升高而明显加强；苯甲酸则在碱性环境中作用减弱；戊二醛在酸性环境中较稳定，但杀菌能力弱，当加入0．3％碳酸氢钠，使其溶液pH值达7．5～8．5时，杀菌活性显著增强，不但能杀死多种繁殖性细菌，还能杀死带芽胞的细菌；含氯消毒剂的最佳pH值为5～6；以分子形式起作用的酚、苯甲酸等，当环境pH值升高时，其杀菌作用减弱甚至消失；而季铵盐、氯已定、染料等随pH值升高而增强。
五、 微生物的敏感性
不同的病原体对不同的消毒药敏感性有很大差别，如病毒对酚类的耐受性大，而对碱性的消毒药物敏感；乳酸杆菌对酸性耐受性大，生长繁殖期的细菌对消毒药较敏感，而带芽胞的细菌则对消毒药物耐受性较强。
六 、消毒药物的拮抗作用
两种消毒药物混合使用时会降低药效，这是由于消毒药的理化性质决定的，所以养殖户在消毒时尽量不要用两种消毒药物配合使用，并且两种不同性质的消毒药使用时要隔开时间。如：过氧乙酸、高锰酸钾等氧化剂与碘酊等还原剂之间可发生氧化还原反应，不但会减弱消毒作用，还会加重对皮肤的刺激性和毒性。
七 、喷雾消毒注意事项
喷雾消毒可以节省成本、提高效率，实践中有许多养殖户喜欢采用这种方式。但喷雾消毒需要注意的细节更多，比如：在消毒前12小时内给鸡群饮用维生素c或水溶性多种维生素溶液如赛维新，防止应激。消毒时应选择刺激性小、高效低毒的消毒剂,如聚维酮碘、亚控等。
在喷雾消毒前，鸡舍内温度应比常规标准高2～3℃，以防水分蒸发引起鸡受凉造成鸡群患病；进行喷雾时，雾滴要细。喷雾量以鸡体和网潮湿为宜，不要喷得太多太湿，一般喷雾量按每立方米空间1 5毫升计算，干燥的天气可适当增加，但不应超过25毫升／立方米，喷雾时应关闭门窗；冬季喷雾消毒时最好选在气温高的中午，平养鸡则应选在灯光调暗或关灯后鸡群安静时进行，以防惊吓，引起鸡群飞扑挤压等现象。
八 、石灰消毒
许多养殖户喜欢用干的生石灰消毒，这是很不科学的。用生石灰消毒时要把生石灰加水变成熟石灰，再用熟石灰加水配成乳浊液进行消毒，一般用熟石灰加入40％～90％(按重量计)的水，生成10％～20％的石灰水乳液，泼洒地面即可。
石灰水溶液必须现配现用，不能停留时间过长，否则易使石灰水溶液形成碳酸钙而降低消毒效果；在干燥的天气不要用石灰粉在鸡舍内撒布消毒，以免漂浮在鸡舍内的石灰粉吸入鼻腔和气管，对鸡的鼻腔和气管产生刺激，容易诱发呼吸道病。