鸡消化道的完整性决不应受到损害。消化道从头到尾都必须总是保持健康和发挥正常功能。消化道完整性的破坏将导致疾病的发生，进而影响养分的消化和吸收。下面将列出并简要讨论一些因素是如何对禽类胃肠道的完整性产生负面影响，进而损害其防御机制的。
霉菌毒素：不论何时饲料污染了真菌，这些真菌的次级代谢产物都可能在饲料中积累，并对家禽产生毒性。
蛋白黑素：氨基酸的一些Maillard类衍生物已报道对肠道的结构完整性有不良影响。
生物胺：生物胺的浓度通常很低，正常情况下对动物不会有问题。但是，当饲料原料发生细菌腐败时，这些胺类的数量增加，对动物尤其是家禽可能产生毒性。
肌胃糜烂素：给雏鸡饲喂过度加工的鱼粉可影响消化道上段的完整性。日本科学家从过热加工的鲭鱼粉中分离到一种很强力的致肌胃糜烂的物质，他们把此物质称为“肌胃糜烂素”。
铜：嗉囊霉菌病影响胃肠道的完整性，是多见于火鸡上的一种散发病。
疾病：有大量致病因子均对消化道的完整性有不良影响。
引起家禽肠炎最常见的因素之一是球虫。正常情况下，垫草上饲养的健康禽类对球虫应能产生免疫反应。由这种寄生虫低水平的恒定刺激对发育和维持免疫功能所必需。抗球虫药物在控制这种疾病方面是有效的。肠炎也能由线虫和绦虫引起。这种寄生虫当其在肠道中的浓度很高时常常导致肠梗阻。坏死性肠炎最常见的诱因之一是细菌，而与此有关的最常见细菌为产气荚膜梭状芽胞杆菌。这种微生物产生的毒素可引起肠衬的大面积破坏。坏死性肠炎已表明与亚临床球虫病及当给家禽喂给黑麦、大麦和小麦这样的谷物时常发生肠道粘性增加有关。这些谷物所含的非淀粉多糖能减慢肠道食糜的正常流通速率，进而导致产气荚膜梭状芽胞杆菌的过度生长。出血性肠炎直接由腺病毒感染引起。这种病常见于火鸡。肠绒毛尖端破坏，引起小肠上部出血。其它病毒，如呼肠孤病毒、轮状病毒、冠状病毒、细小病毒、类肠病毒及钙质病毒，已表明可引起最终导致肠炎的消化道衬的破坏。